●  沒有為企業資源規劃管理、供應鏈規劃、客戶關系管理、 信息共享等方面提供統一平臺，難以對各臺獨立生產設備進行信息整合。
●  業務流程管理不便捷。文件修改不履行審批程序，隨意修改；崗位職責不能有效貫徹，人員崗位調整不履行審批手續。
●  員工離職或調崗后，項目的整體研究設計方案丟失、外泄，嚴重威脅到文檔安全。
●  有人非法侵入服務器中將重要機密文件拷貝帶走，導致行業機密外泄。
●  資料存放在員工個人電腦上，電腦中毒、硬件損壞，導致文件全部丟失，影響工程進度。
●  對生產過程中原料藥到成品藥的譜系和批次流轉的追蹤不方便，出現問題不能查找原因；生產中的偏差情況、返工情況、不合格品處理情況沒有記錄。
●  生物信息數據庫種類繁多，這些數據庫的數據量大，更新速度快，應用面廣，查找起來極為不易。
●  對動力機修設備管理、化驗室管理、動力能源管理、廠房、設施、空調凈化系統、水處理設備、物料管理、取樣等還停留在紙質文件管理階段，不能實現數字化管理，數據難以規整。
●  不按規定劃分批號，修改批號隨意性強，造成批號混亂現象。
●  生產過程中實施歷史生產過程數據得不到保存。